IMDEA Nanociencia se suma a la iniciativa para crear una base de datos de microscopía de fuerza atómica: bioAFM

AFM

Microscopio AFM. Creditos: Shutterstock.

Cristina Flors firma la declaración en favor de la creación de una base de datos de alta calidad sobre la AFM.
La declaración, publicada en Nature Methods, describe los retos y las posibles vías de actuación de esta iniciativa.

Madrid, 29 de septiembre de 2026. Los datos científicos abiertos son esenciales para avanzar en la investigación. Al permitir que los investigadores accedan a los datos, los reutilicen y desarrollen nuevos trabajos a partir de ellos más allá del estudio para el que fueron generados originalmente, los repositorios públicos pueden mejorar la reproducibilidad y acelerar nuevos descubrimientos. Un ejemplo consolidado es el Protein Data Bank (banco de datos de proteínas), creado en 1971 como repositorio público de estructuras moleculares determinadas experimentalmente. En la actualidad, sus datos son utilizados por millones de investigadores y por cientos de recursos científicos, y han contribuido a desarrollos que van mucho más allá de los objetivos originales para los que se obtuvieron los datos, incluidos nuevos enfoques computacionales para la predicción de estructuras de proteínas.

En este contexto, Cristina Flors y Patricia Pedraz, del servicio de AFM de IMDEA Nanociencia, se han ofrecido voluntariamente a contribuir al esfuerzo por hacer que los datos obtenidos mediante microscopía de fuerza atómica (AFM, por sus siglas en inglés) sean más accesibles y reutilizables. Esta contribución va más allá del depósito de datos: el servicio también participa en el debate que se está desarrollando en torno a cómo deben presentarse, estructurarse y describirse los datos de AFM para que puedan ser comprendidos y reutilizados por investigadores más allá de los laboratorios en los que fueron generados.

El reto es considerable. Actualmente no existe un repositorio específico para datos de microscopía de sonda de barrido (SPM, por sus siglas en inglés). Los autores del manifiesto consideran que este es el momento adecuado para desarrollar uno, ya que la AFM ha alcanzado un nivel de madurez y un grado de uso generalizado que no tenía hace dos décadas. Sin embargo, los datos de AFM se generan actualmente mediante equipos de distintos fabricantes y modelos, que utilizan con frecuencia formatos propietarios o incompatibles entre sí. Como consecuencia, los datos pueden requerir una conversión antes de poder depositarse en un repositorio, y es necesario disponer de programas adecuados para leerlos y procesarlos. Por tanto, el reto no consiste únicamente en acordar formatos comunes y estándares de metadatos, sino también en desarrollar herramientas interoperables capaces de leer, convertir y analizar datos de AFM. El artículo identifica el acuerdo sobre un formato común de intercambio de datos de AFM como una de las tareas importantes para la comunidad.

Esta iniciativa de Ciencia Abierta se encuentra todavía en una fase muy inicial. Promovida inicialmente por Jean-Luc Pellequer, de Université Grenoble Alpes, ya ha reunido a 118 investigadores de 107 centros e instituciones de investigación de 26 países: Australia, Austria, Bélgica, Canadá, Chile, China, Croacia, Chipre, República Checa, Dinamarca, Francia, Alemania, Hungría, India, Italia, Japón, Kazajistán, Países Bajos, Noruega, Polonia, Portugal, Rusia, España, Suiza, Reino Unido y Estados Unidos. En España, investigadores de la UAM, CSIC/UPV-EHU, ICMM-CSIC, Universitat de Barcelona, IBEC, CNB-CSIC e IMDEA Nanociencia han suscrito la iniciativa. La conversación surgió en la comunidad de AFM en relación con el simposio sobre datos de AFM celebrado junto al congreso AFMBioMed en Barcelona en abril de 2025, donde un grupo de voluntarios comenzó a trabajar en los metadatos de AFM, abordando inicialmente aspectos relacionados con la muestra, el cantilever, las condiciones experimentales, los parámetros de registro y los propios datos. La iniciativa explora ahora las bases para un posible banco de datos de bioAFM, con el apoyo del European Bioinformatics Institute (EBI) del EMBL en el trabajo preliminar sobre metadatos y la posibilidad de una futura integración en su infraestructura. El objetivo inmediato se centra en tres tipos de datos de AFM: topografía, espectroscopía y nanomecánica.

Referencia:

Pellequer, JL., Aguayo, S., Alessandrini, A. et al. A FAIR road to a bioAFM databank. Nat Methods (2026). https://doi.org/10.1038/s41592-026-03214-7
Enlace al Repositorio de IMDEA Nanociencia: https://hdl.handle.net/20.500.12614/4288

Contacto:

Cristina Flors
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Advanced Fluorescence Nanoscopy Group
https://nanociencia.imdea.org/advanced-fluorescence-nanoscopy/group-home

Oficina de Difusión y Comunicación de IMDEA Nanociencia / Oficina de Comunicación y Divulgación de IMDEA Nanociencia

Fuente: IMDEA Nanociencia.

El Instituto IMDEA de Nanociencia es un joven centro de investigación interdisciplinar en Madrid (España) dedicado a la exploración de la nanociencia y al desarrollo de aplicaciones de la nanotecnología en relación con industrias innovadoras.