Estructura organizativa interna
El Patronato nombra al Director que cuenta con poderes ejecutivos y es responsable de organizar y dirigir la estrategia y la actividad de la Fundación de acuerdo con sus objetivos fundamentales y es asistido por el Vicedirector. Desde su creación el Director de IMDEA Nanociencia ha sido el Prof. Rodolfo Miranda, y el Prof. Nazario Martín. Vicedirector. El Director, el Vicedirector y el Comité Científico Asesor se aseguran de que la ciencia y las actividades relacionadas en IMDEA Nanociencia sean de la más alta norma internacional y que los recursos asignados al instituto se aprovechen al máximo.
El Gerente está a cargo de la gestión diaria del centro y de las operaciones que dependen directamente del Director. Cuenta con un equipo de expertos para la administración en lo que se refiere a las áreas de contabilidad, finanzas, recursos humanos, gestión de proyectos, relación con las empresas, mantenimiento e infraestructura.
Existe además una Comisión Ejecutiva que está presidida por el Director y cuenta con el Vicedirector, el Gerente y los tres Directores Adjuntos de Estrategia, Infraestructura y Alcance, respectivamente. Esta Comisión Ejecutiva actúa como el principal órgano ejecutivo y discute las iniciativas de día a día, así como de largo plazo y propone soluciones.
El Comité del Programas Científicos está compuesto por los responsables de los programas de investigación existentes y su función es ayudar al Director a coordinar la evolución, logros y necesidades de los diferentes programas.
La Dirección se basa en las recomendaciones del Comité Científico Asesor que se debaten en la Comisión Ejecutiva, en lo que se refiere al uso de los recursos, y en el Comité del Programas Científicos en lo relativo a los programas o líneas de investigación. Las decisiones son presentadas por el Director en las reuniones del Patronato para su debate y aprobación final.